Le développement croissant dans le bassin versant a eu un impact négatif sur la santé du fleuve Wolastoq/Saint-Jean. Le ruissellement agricole, les sources de pollution ponctuelles comme les eaux usées provenant des municipalités et des sites industriels, ainsi que la fragmentation causée par les barrages, les routes et les infrastructures routières et ferroviaires ont accru le niveau de pression sur le fleuve. La qualité de l’eau est particulièrement préoccupante. Les niveaux de certains contaminants excèdent régulièrement les seuils en matière de qualité de l’eau. Les dérèglements climatiques ajoutent également une pression sur le système fluvial, qui se traduit par une augmentation des événements climatiques extrêmes comme les pluies abondantes, les blizzards, les tempêtes de vent et le verglas, les inondations, la perte et la dégradation des habitats. Parallèlement à cette dégradation de l’écosystème, des effets considérables se font sentir dans la communauté locale, que ce soit sur la santé, des dommages causés aux infrastructures ou les pertes économiques. Ce fleuve historique et majestueux est en péril en raison de l’augmentation et du cumul des pressions.
En plus des pressions subies par le fleuve lui-même, les espèces de la région sont aussi confrontées au poids des pressions résultant des activités humaines. Près de 50 espèces de plantes et d’animaux sont évaluées en voie de disparition au sein du bassin versant.
