Mary MacDonald a élaboré et dirigé plusieurs projets collaboratifs et novateurs sur cinq continents. Dans le sud de l’Afrique, elle a mené une étude de terrain en documentant les impacts environnementaux et sociaux de l’activité minière, et créé une coalition pour l’action formée de groupes communautaires, de scientifiques, d’organismes d’aide et d’expert.e.s du secteur minier. À Stockholm, elle a contribué à la rédaction du projet de Convention-cadre des Nations Unies sur les changements climatiques et a fait partie d’une équipe de scientifiques de l’Union européenne chargée de rédiger des protocoles en vue d’intégrer les conclusions de recherches scientifiques au processus décisionnel. À la Banque mondiale, à Washington, elle a co-dirigé un projet de création de tables rondes dans plus de 40 pays en développement.

À la Ville de Toronto, Mary MacDonald a entrepris la mise en œuvre d’une dizaine de nouveaux projets, notamment les Climate Change and Clean Air Action Plan, le Renewable Energy Action Plan et le Green Economic Development Strategy. Elle a occupé divers postes auprès de plusieurs organismes :  Fondation Metcalf, Institut de Stockholm pour l’environment (SEI), Nations Unies, Banque mondiale, Earth Council, ainsi que la Ville de Toronto et une entreprise d’ingénierie d’envergure internationale. Outre son travail auprès du WWF-Canada, Mary MacDonald a agi comme conseillère auprès du maire de New York, Michael Bloomberg, lorsqu’il assurait la présidence du C40 Cities Climate Leadership Group.